Đại học đầu tiên tại Bratislava, trong Vương quốc Hungary (và cũng trong phần lãnh thổ của Slovakia ngày nay) là Universitas Istropolitana, được thành lập vào năm 1465 bởi Vua Matthias Corvinus. Nó bị đóng cửa năm 1490 sau cái chết của ông ấy.[116]

Bratislava là trụ sở của trường đại học lớn nhất (đại học Comenius, 27.771 học sinh),[117] trường đại học kỹ thuật lớn nhất (Đại học Kỹ thuật Slovakia, 18.473 học sinh),[118] và trường nghệ thuật cổ nhất (Học viện Nghệ thuật trình diễn và Học viện Mỹ thuật và Thiết kế) tại Slovakia. Các học viện cao học khác bao gồm Đại học Kinh tế và trường cao đẳng tư đầu tiên tại Slovakia, Đại học thành phố Seattle.[119] Tổng cộng, có khoảng 56.000 học sinh học đại học tại Bratislava.[120]

Có 65 trường tiểu học công, 9 trường tiểu học tư và 10 trường tiểu học tôn giáo tại đây.[121] Tổng cộng, có 25.821 học sinh.[121] Hệ thống giáo dục trung học của thành phố (một số trường cấp hai và tất cả các trường cấp ba) bao gồm 39 trường trung học với 16.048 học sinh,[122] 37 trường cấp hai chuyên với 10.373 học sinh,[123] và 27 trường dạy nghề với 8.863 học sinh (dữ liệu tính đến năm 2007[cập nhật]).[124][125]